La más importante de las actividades de la Asociación de Estudios Japoneses en España es, sin duda, la organización de sus Congresos que en la actualidad tienen una periodicidad bianual. Constituyen reuniones científicas de alto nivel académico y en las que, partiendo de un tema de reflexión previamente prefijado, los investigadores y estudiosos de Japón exponen sus trabajos, investigaciones e intercambian opiniones sobre los mismos.
Estos congresos, cuyos resultados se difunden en los formatos y modos más convenientes, se realizan en colaboración con diversas instituciones académicas (hasta el momento han sido entidades co-organizadoras las universidades de San Pablo CEU de Madrid, la Complutense de Madrid, de Cantabria, de Valladolid, la Autónoma Barcelona, de Sevilla y de Zaragoza), con el apoyo financiero de distintas entidades públicas o privadas tanto de nuestro país como de Japón. En este sentido es justo destacar la ayuda prestada por Japan Foundation y la Embajada de Japón en España.